Motif di balik Instruksi Presiden 2/2013 tentang penanganan konflik di daerah terus dipertanyakan. Dan diduga kuat Inpres ini sangat terkait erat dengan Pemilu 2014.

"Yang saya dengar, dengan Inpres ini, gubernur bisa menggerakkan pasukan karena memiliki kewenangan untuk mengkoordinasikan semua potensi yang ada di daerah, seperti kapolda, danrem kemudian juga unsur lain di masyarakat," kata anggota Komisi III dari Fraksi Partai Keadilan Sejahtera (PKS), Aboebakar Alhabsy, Rabu malam (29/1).

"Saya rasa kita semua khawatir dengan menjamurnya konflik di daerah, namun penerbitan inpres tentang penanganan konflik daerah saya kira bukan pilihan yang tepat," sambung Aboebakar yang juga Ketua DPP PKS bidang Advokasi dan Hukum.

Aboebar pun menilai Inpres ini akan tumpang tindih dengan UU 7/2012 tentang Penanganan Konflik Sosial, karena muatannya sama. Dan seharusnya Presiden SBY bukan menerbitkan Inpres tentang penanganan konflik daerah, namun menerbitkan PP untuk UU Penanganan Konflik Sosial karena sudah ada payung hukumnya berupa UU, tinggal PP untuk aturan organiknya.

"Saya rasa wajar, bila kemudian publik menanyakan motif dikeluarkannya Inpres tersebut. Bukankah lebih urgen menerbitkan PP terlebih dahulu dari pada inpres, apalagi diteken pas di tahun politik," demikian Aboebakar.